«Une longue guerre entre les Grasslands et Zexen a fait des ravages. Lorsqu'une trêve nécessaire depuis longtemps échoue, une quête est entreprise pour trouver le légendaire champion des flammes, qui a sauvé les prairies dans une autre guerre des années auparavant.
Le troisième de la série Suikoden met en évidence la lutte des porteurs des 5 vraies runes élémentaires; True Fire Rune, True Water Rune, True Lightning Rune, True Earth Rune et True Wind Rune; au milieu du chaos qui a suivi dans les prairies. Qui est le cerveau et quel est son but?
Basé sur le jeu vidéo PS2, il est également vaguement basé sur les classiques de Water Margin, bien qu'il ne se limite qu'au rassemblement de 108 Stars of Destiny afin de rétablir l'ordre.